Una de las preocupaciones fundamentales es la independencia de la fiscalía, no solo externa (es decir, que pueda realizar investigación y persecución de la macro criminalidad sin una injerencia desde fuera del organismo, sino también la independencia interna, que es la posibilidad de cada fiscal de realizar su papel sin presiones ni incidencias desde dentro de la institución, o desde su cúpula, en forma de directrices que afecten el adecuado desarrollo de la investigación o no permiten que superen niveles importantes en las estructuras criminales. Hay que examinar mecanismos de selección de fiscales generales que respondan a los intereses generales de la justicia y no de los gobiernos va sucediendo en el poder.